История экспедиции
В настоящее время исследования в Фанагории осуществляет Фанагорийская экспедиция ИА РАН под руководством В.Д.Кузнецова. Работы ведутся по нескольким направлениям — раскопки на территории города, его некрополя, в акватории затопленной части памятника, а также на сельской территории. Осуществляются также археологические разведки на территории Таманского полуострова.
В составе экспедиции, кроме историков и археологов (включая специалистов по подводным раскопкам), работают специалисты самых разных научных направлений - палеозоологи, нумизматы, антропологи, микробиологи, биохимики, реставраторы, почвоведы, геофизики, специалисты по геоинформационным системам. Для исследования территории города используется наземный и подводный георадары.
В августе 2011 года в расположении Фанагорийской археологической экспедиции побывал премьер-министр России В.В. Путин. Он ознакомился с ходом исследований, посетил раскопки кургана Боюр-гора, совершил погружение на месте раскопок затопленной морем части города. По завершении визита состоялась встреча главы правительства со специалистами и студентами экспедиции, на которой рассматривались вопросы будущего развития Фанагории. а также проблемы отечественной археологии в целом (см.стенограмму встречи).