История экспедиции
Научные археологические исследования в Фанагории начались в 1936 г. В этом и следующем, 1937 году была организована совместная экспедиция ГМИИ им. А.С. Пушкина и ГИМ (при участии Академии архитектуры, МГУ и ИФЛИ) под руководством А.П. Смирнова и В.Д. Блаватского.
В 1938–1940 гг. работами экспедиции ГМИИ руководил В.Д. Блаватский.
После окончания Великой Отечественной войны раскопки в Фанагории были возобновлены Институтом археологии Академии наук СССР и ГМИИ им. А.С. Пушкина под руководством М.М. Кобылиной (1947 г.). На городище основное внимание исследовательницы было сосредоточено на центральной части нижнего плато под холмом, где в середине XIX в. были найдены три надписи, на юго-восточной окраине (так называемый «Керамик»), у берега Таманского залива (в центральной части городища и на его западной окраине (рядом с раскопом В.Д. Блаватского)). Отдельные небольшие раскопы были заложены и в других местах (например, в западной части на верхнем плато, где были обнаружены остатки жилого дома IV в. н.э., погибшего в сильном пожаре).
Помимо исследований на городище экспедиция под руководством М.М. Кобылиной производила раскопки и на некрополе. Основное внимание было уделено восточному некрополю. Во многом это связано с тем, что в начале 60-х годов по нему прокладывалась асфальтовая дорога, что потребовало проведения предварительных археологических исследований. Раскопки показали, что здесь сосредоточены преимущественно погребения эпохи эллинизма и римского времени.
На вершине горы Майской (к югу от городища) исследовано святилище женского божества, рядом с которым найдено большое количество посвящений в виде терракотовых статуэток, которые датируются VI–III вв. до н.э.
С 1979 по 1991 г. в Фанагории были предприняты масштабные раскопки на южной окраине городища, связанные с прокладкой здесь, а также на части восточного некрополя трубопровода очистных сооружений. Работы велись под руководством В.С. Долгорукова. Раскоп представлял собой траншею длиной 570 м и шириной 5 м. Общая площадь раскопа более 3000 кв. м. (включая прирезки).
Здесь открыты слои от начала V в. до н.э. до конца эпохи античности. Найдено большое количество строительных остатков различных времен, среди которых можно перечислить общественное сооружение, стены которого были покрыты штукатуркой, небольшой храм в антах, так называемый «дом торговца зерном», жилые дома эллинистического времени, построенные из сырцового кирпича, траншея выборки городской оборонительной стены, многослойная вымостка улицы IV в. до н.э., которая вела из города в направлении Майской горы, винодельни и многое другое. Специально нужно указать на впервые найденные в Фанагории могилы архаического времени, мастерскую коропласта первой половины V в. до н.э. и глиняно-плетневые сооружения.