История экспедиции
Первые подводные исследования в затопленной части Фанагории здесь были осуществлены в 1958-1959 гг. экспедицией под руководством В.Д. Блаватского. По его подсчетам, под водой находится 15-17 га площади древнего города. Исследование культурного слоя в северо-восточном секторе затопленной части городища (в 185 м от уреза воды) с использованием грунтососа показали, что он имеет толщину в данном месте около 1,3 м.
В 1999 году подводные исследования в Фанагории были возобновлены. Вначале было произведено аппаратное обследование морского дна, которое привело к созданию батиметрической карты. Следующим этапом стало осуществление подводных раскопок с использованием гидроэжекторов.
Фундамент ряжа - античного портового сооружения
Наиболее перспективными на сегодняшний день оказались работы на западной окраине акватории затопленной части городища. Здесь, на расстоянии примерно в 160 м от уреза воды была обнаружена конструкция, сооруженная из бревен — ряж. Она представляет собой своеобразную бревенчатую клетку, заполненную камнями. Такие конструкции служили подводными фундаментами при строительстве разнообразных портовых сооружений (молов, маяков, причальных стенок и т.п.).
Перед инженерами, строившими фанагорийский ряж, стояла серьезная проблема — в условиях дефицита камня на Таманском полуострове им было необходимо найти его для заполнения подводной конструкции. По всей видимости, необходимость строительства этого ряжа была настолько актуальной, что для решения этой задачи собирали камень повсюду, где было возможно. Поэтому под водой оказались не только обыкновенные строительные блоки, но и архитектурные детали от общественных зданий, обломки мраморных статуй и постаментов для них, мраморные плиты с надписями и надгробия с некрополя. Некоторые из этих предметов обнаружены в процессе подводных раскопок и подняты со дна моря.
Среди наиболее важных из них можно назвать четыре полностью сохранившиеся надписи, голову от мраморной статуи больше человеческого роста, фрагмент большого мраморного надгробия (?), большую мраморную плиту с изображением тамги.
Таким образом, итоги исследования Фанагории на сегодняшний день таковы. Раскопками установлено, что городище в период своего расцвета простиралось между двумя глубокими лощинами на западе и на востоке. Это составляет около 1 км с востока на запад.
Южная граница проходит примерно с востока на запад вдоль современной железной дороги на расстоянии около 400–500 м от берега залива.
Северная граница определялась морским побережьем. Подводные исследования, осуществляемые Таманской экспедицией ИА РАН в последние годы, подтверждают вывод В.Д. Блаватского о том, что в древности полоса прибоя отстояла от современного уреза воды в среднем на 250 м, а местами и больше.
Общая площадь части городища, затопленной морем, равна примерно 20-22 га.
Таким образом, максимальная площадь, которую занимала Фанагория в период своего расцвета, была не меньше 60 га.
При этом выполненная сотрудниками Фанагорийской экспедиции по заказу Минкультуры РФ работа по уточнению границ и площади памятника археологии федерального значения "Фанагория" и его охранных зон показала – общая площадь памятника составляет около 900 га. В пределах этой территории выявлено порядка 700 единиц объектов наследия (и ещё более сотни отдельных курганных насыпей - вне этой территории).